В основе сюжета лежит вторжение в Галактику новой, неизвестной до этого формы жизни — клисан. Для борьбы с ними была основана организация Космических Рейнджеров, по своей структуре более гибкая, чем армия и поэтому имеющая больше шансов найти и установить контакт с мозговым центром клисан. Именно рейнджерам удаётся выяснить, что на самом деле клисаны считали космические корабли разумными, а живых существ внутри — болезнетворными организмами. Клисаны просто хотели вылечить своих «собратьев». После чего Галактическому Содружеству удаётся заключить мир с клисанами.

Игроку предстоит выступить в роли одного из космических рейнджеров, которые могут заниматься самой разной деятельностью, но в конечном счёте, преследуют цель спасения Галактики от вторжения клисан. Чёткого и заранее написанного сюжета в игре нет, но есть большое число квестов, генерируемых случайным образом и не привязанных к определённому месту или времени.

У игрока изрядная свобода в своих действиях. В начале игры он может выбрать расу и предысторию (воин, торговец или пират), что влияет не столько на его «начальную» специализацию, сколько на стартовые условия, а специализация определяется именно действиями игрока (в зависимости от его основного реального источника дохода он объявляется торговцем, воином или даже пиратом). Также существует возможность сменить саму расу по ходу игры, «мутировав» персонажа в представителя другого вида. Несмотря на свободу действий игрока основная цель игры: остановить нашествие клисан и, по возможности, выяснить его причину. Для этого можно уничтожить Махпеллу, главный корабль клисан, однако, если дождаться окончания разработки программы, позволяющей вести переговоры с Махпеллой, то игру можно завершить и переговорами с Махпеллой. У игры в общей сложности 5 концовок/

Основные события второй части игры разворачиваются спустя 250 лет после окончания войны с клисанами — в 3300 году. Человечество поддерживает отношения с четырьмя другими развитыми цивилизациями нашей галактики: малоками, пеленгами, фэянами и гаальцами. Продолжает развиваться Коалиция Разумных Рас (сокращённо — КРР).

Внезапно, появляется новая угроза для Галактики — Доминаторы — форма кибержизни, наделённая собственным интеллектом. Они появились в результате слияния клисан с опасными боевыми роботами, наделёнными интеллектом и способными к регенерации. Коалиция отказалась от этих машин и уничтожила их. Но малоки отправили небольшую партию роботов на отдалённую планету, которую после этого захватывают клисаны. Малоки поняли свою ошибку и сбросили на планету атомную бомбу. Страшный взрыв уничтожил и роботов и клисан. Но некоторые модули сохранили жизнеспособность. Изменённые радиацией, они соединились с клисанскими боевыми модулями, и появился новый вид небиологической жизни — Доминаторы. Существуют три вида Доминаторов (блазероиды, келлероиды и терроноиды), которые сражаются против сил Галактической Федерации. Помимо этого Доминаторы воюют друг с другом.

Игроку предстоит выступить в роли одного из космических рейнджеров, которые могут заниматься самой разной деятельностью, но в конечном счёте, преследуют цель спасения Галактики от вторжения доминаторов. Чёткого и заранее написанного сюжета в игре нет, но есть большое число квестов, генерируемых случайным образом и не привязанных к определённому месту или времени.

Концепция свободного выбора, отличительная особенность оригинала, не только сохранилась, но и получила в «Космических рейнджерах 2» свое логическое развитие. Игрок не ограничивается сюжетными рамками, ему предоставляется возможность повлиять на ход событий. При этом игровой мир (размеры которого существенно увеличились по сравнению с первой частью) живёт и развивается по своим законам, в нём постоянно происходят какие-то события: захватываются и освобождаются системы, пираты грабят суда, на планетах случаются государственные перевороты, а ученые делают новые открытия.
Игроку предстоит узнать происхождение Доминаторов и найти способ избавить от них Галактику.